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カバー工法がお薦めです！
カバー工法一択でも良いのではないかと思います。

理由①：
太陽光(ソーラーパネル)を載せると、載せていない所と載せていて隠れている所に劣化のスピードの差が出ます。
そのまま放置すると、劣化した箇所だけ表面が悪化していきその箇所だけ屋根の瓦自体がダメになります。
また、塗装をして太陽光(ソーラーパネル)の場合は10年後に再塗装をしたいといった場合に、隠れている所は塗らない、もしくは、太陽光(ソーラーパネル)を外してから屋根全面に塗装を施し、再度、取り外した太陽光を設置しなくてはならなくなる為、再塗装の際の費用がまた余分に掛かってしまう事になります。

理由②：
塗装で太陽光(ソーラーパネル)を載せる場合に注意が必要な所が
棟板金の交換があげられます。塗装の際には必ず、棟板金の交換をして下さい。
その理由に、棟板金の下地と取り合いのコーキング処理にあります。
近年は＊樹脂胴縁の仕様が増えましたが、住宅メーカーや施工会社によっては
施工当時、または今でも杉の胴縁を使っている事があります。
その場合、湿気による湿りと気温や風による乾燥での経年劣化で下地の杉胴縁が痩せてきます。
そうすると、釘が浮いてくる原因にもなり、緩くなった棟板金は強風で飛んでしまったり、浮いた釘穴から雨水が侵入する事になりかねません。
また、板金と板金の取合いには中と外にコーキングが使用せれている為、劣化したコーキングが切れてしまっていたりする場合があります。
板金を外さなければ中のコーキングを打ち替える事は出来なく、また
キレイに板金を取り外して施工をする事が難しいです。
表面だけコーキングを打って塗装をしても、表面が劣化した時にコーキングが切れてしまうと、中のコーキングに不具合が生じた場合に雨漏りの原因になります。

理由③：
金属屋根でカバー工法をすると、先にも述べた理由の2つが同時に解消されます。
金属屋根でカバーする事で、全面が保護されて再塗装の必要がなくなります。
棟板金も全面交換になり、下地も樹脂胴縁と板金による下地を使用する為
交換の寿命が極めて長くなり、ほぼ交換しなくても良くなります。
ですので、塗装で発生する再度の塗装での『ソーラーパネルの脱着』と足場の施工などの必要がなくなりますから、経済的にも長い目で考えた方がコストもかからず
お得になります